15 мая 2018 года исполнилось 23 года со дня образования ФКУ «Объединенная дирекция по реализации федеральных инвестиционных программ». Учреждение берёт своё начало и является правопреемником ГУ «Дирекция по строительно-восстановительным работам в Чеченской Республике» Министерства строительства Российской Федерации, которое было создано приказом Минстроя России от 25 апреля 1995 г. № 17-57.
Приказом Министерства строительства Российской Федерации от 12 апреля 1996 г. № 17-47 Дирекция была переименована в ГУ «Объединенная Дирекция по реализации федеральных инвестиционных программ» Министерства строительства Российской Федерации.
Приказом Государственного комитета Российской Федерации по строительству и жилищно-коммунальному комплексу от 15 декабря 1999 г. № 154 Дирекция переименована в ГУ «Объединенная Дирекция по реализации федеральных инвестиционных программ» Госстроя России».
Приказом Федерального агентства по строительству и жилищно-коммунальному хозяйству от 18 марта 2005 г. № 61 Дирекция переименована в ФГУ «Объединенная дирекция по реализации федеральных инвестиционных программ».
Приказом Министерства регионального развития Российской Федерации от 22 июня 2010 г. № 292 Дирекция была переименована в ФГУ «Объединенная дирекция по реализации федеральных инвестиционных программ» Министерства регионального развития Российской Федерации.
Постановлением Правительства Российской Федерации от 26 июля 2010 г. № 539, от 26 июля 2010 г. № 537 на основании распоряжения Правительства Российской Федерации от 11 марта 2011 г. № 388-р, путем изменения типа существующего ФГУ «Объединенная дирекция по реализации федеральных инвестиционных программ» учреждение переименовано в Федеральное казенное учреждение «Объединенная дирекция по реализации федеральных инвестиционных программ» Министерства регионального развития Российской Федерации.
В соответствии с распоряжением Правительства Российской Федерации от 25 июля 2012 г. № 1350-р ФКУ «Объединенная дирекция по реализации федеральных инвестиционных программ» Министерства регионального развития Российской Федерации было передано в ведение Федерального агентства по строительству и жилищно-коммунальному хозяйству.
После преобразования в ноябре 2013 года Госстроя в Министерство строительства и жилищно-коммунального хозяйства Российской Федерации, новым учредителем ФКУ «Объединенная дирекция» стал Минстрой России.
В связи с 23-й годовщиной со дня образования Учреждения, за высокие показатели в реализации государственных программ по обеспечению жильем граждан Российской Федерации с использованием государственных жилищных сертификатов отдельным сотрудникам Дирекции вручены благодарственные письма от Министра строительства и жилищно-коммунального хозяйства Российской Федерации; три сотрудника представлены к награждению ведомственными наградами.